توجد في مكتبة المدرسة الفيضية نسخة برقم ١٦٠٤ تشتمل على فهرست الشيخ الطوسي ورجال الشيخ الطوسي. ناسخ هذه المجموعة هو نعمة الله بن حمزة العميدي الحسيني النجفي، وقد فرغ منها في ١٧ ربيع الأول سنة ٩٨٢ هـ. وتُرى الملاحظات الأربع المفيدة التالية على الورقة الأولى ونهاية فهرست الشيخ:
١. على الورقة الأولى بخط الميرزا محمد الاسترآبادي:
قد دخل هذا الكتاب بالشراء الشرعي في نوبة الفقير إلى ربه اللطيف محمد بن محمد أمين الشريف استرابادى في مكة المعظمة – زادها الله شرفاً – سنة ست وثلاثين بعد الألف.
٢. على الورقة الأولى بخط صاحب المدارك:
يقول العبد المفتقر إلى عفو الله تعالى وكرمه محمد بن علي بن حسين بن أبي الحسن الحسيني – عفا الله عن سيئاته – إني أروي هذا الكتاب مع جميع مصنفات شيخنا المعظم فقيه أهل البيت، رئيس الطائفة المحقة مصنف هذا الكتاب – نفعنا الله تعالى ببركة علومه – بعدة طرق عن عدة من مشايخنا، منهم الوالد السيد علي بن أبي الحسن عن جدي العلامة الشهيد الثاني – قدس الله نفسه الزكية – عن جدي الإمام الفاضل الجليل نور الدين علي بن عبد العالي عن شيخه الإمام السعيد ابن عم الشهيد شمس الدين محمد بن محمد بن داود الشهير بابن المؤذن عن الشيخ ضياء الدين علي ولد الإمام الشهيد عن والده – قدس الله روحه – عن شيخيه السيد عميدالدين عبدالمطلب بن الأعرج الحسيني والشيخ الإمام فخر الدين محمد بن الشيخ العلامة جمال الدين بن المطهر عنه ـ قدس الله نفسه الزكية – عن شيخه الجليل المحقق نجم الدين أبي القاسم جعفر ابن سعيد عن الشيخ نجيب الدين محمد بن نما عن الشيخ أبي عبد الله محمد بن ادريس عن الشيخ عربي بن مسافر العبادي عن الياس بن هشام الحائرى عن أبي على الحسن بن الشيخ الإمام أبي جعفر محمد بن الحسن الطوسى مصنف هذا الكتاب عن والده – رفع الله قدره في عليين وألحقه بنبيه وائمته الطاهرين.
٣. على الورقة الأولى تحت كتابة صاحب المدارك، بخط ابن شدقم:
ويقول العبد الفقير الحقير الحسن بن على بن شدقم: إن هذا الكتاب جاءني هدية من شيخنا السيد محمد بن أبي الحسن عام ٩٨٧ ولى إلى روايته طرق متعددة. منها عن شيخنا الشيخ الإمام حسين بن عبد الصمد الحارثي عن الشهيد الثاني. ومنها طريق شيخنا السيد محمد بن أبي الحسن المذكور اعلاه. ومنها عن شيخنا العلامة القدوة الشيخ نعمة الله بن الشيخ احمد بن خاتون، عن والده الشيخ احمد عن الشيخ المحقق الشيخ علي بن عبد العالي الكركي. وعنه عن الشيخ على بغير واسطة عن شيخه الشيخ على بن هلال الجزائري عن الشيخ الفقيه الزاهد والورع احمد بن فهد الحلى عن الشيخ على بن عبد الحميد النيلي عن الشيخ القدوة العمدة المرجع الشهيد محمد بن مكى عن مشايخه إلى المصنف. ولي بهذا الطريق وغيره رواية سائر كتب المصنف وسائر كتب أصحابنا – رضوان الله عليهم أجمعين. في سنة ٩٨٧.
٤. على حاشية الصفحة الأخيرة من الفهرست بخط صاحب المدارك:
كتاب مستطاب لو يقاس بكنز التبر ما صح القياس
عارضت هذا الكتاب من أوله إلى آخره بأصله المنقول منه ونسخة أخرى معتمدة فصح إن شاء الله تعالى وبقى مواضع يسيرة لا يخلو من سقم نبهنا عليها في محالها إلى أن يوفق الله تعالى لاصلاحها وكان ذلك في مجالس خاتمتها ضحى يوم الخميس رابع عشر من شهر شوال من سنة ثلاث وثمانين وتسعمائة من الهجرة الشريفة النبوية على مشرفها اتم الصلوة وأكمل التحية وذلك بالمشهد المقدس الغروى على مشرفه أفضل الصلوة والسلام. وكتب ذلك مالكه العبد المفتقر إلى عفو الله تعالى محمد بن على بن أبي الحسن حامداً لله تعالى على آلائه، شاكراً له على نعمائه، مصلياً على سيدنا محمد وآله مستغفراً من ذنوبه…